Deteksi Viral Nervous Necrosis (VNN) pada Ikan Kakap Putih (L. calcarifer) dengan Metode RT-qPCR
Kata Kunci:
Ikan kakap putih; RT-qPCR; VNNAbstrak
Ikan kakap putih merupakan salah satu komoditas unggulan karena memiliki pertumbuhan yang cepat. Dalam budidaya ikan kakap putih, tidak terlepas dari berbagai permasalahan yaitu adanya serangan penyakit seperti VNN (Viral Nervous Necrosis). Virus VNN dapat menyerang sistem saraf pusat, retina mata, serta organ reproduksi. Gejala umum penyakit ini yaitu nafsu makan menurun sehingga menyebabkan ikan sangat lemah, warna tubuh pucat, berenang tidak beraturan, serta menghentakkan kepala ke permukaan air secara sporadik. Untuk mengatasi penyakit tersebut dapat dilakukan dengan cara diagnosa dini dengan metode RT-qPCR (Reverse Transcription-quantitative Polymerase Chain Reaction). Virus yang menyerang ikan kakap putih dalam jumlah sedikit atau belum menimbulkan gejala penyakit dapat dilacak sejak dini, karena RNA virus yang jumlahnya sedikit dapat digandakan dengan PCR. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi VNN pada ikan kakap putih dengan metode RT-qPCR. Metode yang digunakan meliputi pengambilan otak dari organ target, ekstraksi RNA, dan amplifikasi RNA. Amplifikasi RNA memiliki beberapa tahapan yaitu denaturasi, anneling, dan ekstention. Hasil menunjukkan bahwa ikan kakap putih tidak berhasil didiagnosa terinveksi VNN, sebab kontrol negatif yang digunakan tidak valid. Hal ini dikarenakan mix reagen kontrol negatif terkontaminasi sehingga melewati batas threshold.
Referensi
Agustiningsih, A., Nugraha, A. A., Daryanto, D., Pawestri, H. A., Ikawati, H. D., Harianja, H., & Sugianto, S. (2020). Pedoman pemeriksaan PCR Sars-Cov-2 bagi petugas laboratorium.
Black, E. M., Lowings, J. P., Smith, J., Heaton, P. R., & Mcelhinney, L. M. (2020). A rapid RT-PCR method to differentiate six established genotypes of rabies and rabies-related viruses using tagman technology. Journal of Virological Methods, 105, 25-35.
Damo, N. Y., Porotu’o, J. P., Rambert, G. I., & Rares, F. E. S. (2021). Diagnostik Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) dengan pemeriksaan laboratorium mikrobiologi klinik. Jurnal E-Biomedik, 9, 77-86.
Kusumanti, I., Iskandar, A., Sesaria, S., & Muslim, AB. (2022). Studi kelayakan usaha pembenihan ikan kakap putih di Balai Perikanan Budidaya Air Payau (BPBAP) Situbondo, Jawa Timur. Ziraa’ah Majalah Ilmiah Pertanian, 47, 195-206.
Nandini, S., Jeremiah, S. S., & Ryo, A. (2020). Interpreting diagnostic test for SARS-nCoV-2. JAMA.
Prihartini, N. C. (2016). Distribusi pathognomik virulensi VNN (Viral Nervous Necrosis) pada benih nila (Oreochromis sp). Jurnal Ilmu Perikanan, 7, 51-56.
Sembiring, S. B. M., Gigih, S. W., Ketut, M., Zeny, W., & Haryanti. (2018). Prevalensi infeksi Viral Nervous Necrosis (VNN) dan iridovirus pada hetcheri dan budidaya ikan laut. Media Akuakultur, 13, 83-90.
Windarto, S., Hastuti, S., Subandiyono, Nugroho, R. A., & Sarjito. (2019). Performa pertumbuhan ikan ikan kakap putih (Lates calcarifer) yang dibudidayakan dalam sistem Keramba Jaring Apung (KJA). Jurnal Sains Akuakultur Tropis, 3, 56-60.
Yaqin, M. A., Santoso, L., & Saputra, S. (2018). Pengaruh pemberian pakan dengan kadar protein berbeda terhadap performa pertumbuhan ikan kakap putih (Lates calcarifer) di keramba jaring apung. Sains Teknologi Akuakultur, 2, 12-19.
Zafar, H. The microbiology of coronaviruses. (2020). Journal of Pakistan Medical Association, 70, 46.
